Como vestigio fideligno de la época queda el documento escrito por el relevante
El Himyarí:
Al Este de Pechina, a tres millas de distancia, se alza una elevada montaña que tiene importantes yacimientos minerales. En ella hay también una extraordinaria Fuente Termal que no tiene igual en Al Andalus por la bondad de sus aguas, su dulzura, su virtud diurética, su eficacia y todas sus virtudes curativas que posee.

De todas partes acuden personas que sufren achaques y enfermedades crónicas, seguras de obtener aquí una notable mejoría. En 1.489 el pueblo de Pechina, cansado de guerras intestinas, acoge con agrado a los Reyes Católicos, pero su alegría no ha de durar por las duras imposiciones de sus nuevos amos. Se desarrollaron en la comarca durante todo el siglo XVI numerosas rebeliones, incursiones piratas, intento de huida de los moriscos a Africa que los castellanos en vano atajan.

Culmina con su expulsión en 1.611 sin que con ello se consiga la paz de la comarca. Esto causa el despoblamiento de Sierra Alhamilla y para evitarlo se dan las casas y tierras de las principales poblaciones de la comarca a los soldados que las defendían. Los Baños estaban abandonados, pero alejada la amenaza y consolidada la repoblación de la comarca, vuelven a fluir enfermos a los Baños.

Al final de esta centuria, el deán Orbaneja, en su célebre libro, dice de los Baños que sus aguas son tan medicinales que, con estar tan remotos, vienen a ellos enfermos de partes muy distantes, quienes volviendo a su tierra con salud acreditan a los Baños y la Sierra .

La historia moderna del Balneario comienza cuando el Obispo de Almería D. Claudio Sanz y Torres y Ruiz Castañedo a sus expensas reconstruye sobre las ya ruinas árabes y romanas del edificio el actual Balneario de Sierra Alhamilla en 1.777. Su historia actual comienza en la última década del siglo XX en la que una novísima restauración, de alta tecnológica balneoterápica da forma a este corazón dorado de la Sierra de Alhamilla.